Trong những năm khoảng 1980 nổi lên tầm quan trọng của phát sinh loài học và việc định nghĩa lại các giới như là các nhóm đơn ngành, là các nhóm hợp thành từ các sinh vật có mối quan hệ tương đối gần gũi nhau. Animalia, Plantae, Fungi nói chung đã được quy về các nhóm cốt lõi của các dạng có quan hệ gần gũi, còn các dạng khác được đặt trong Protista. Dựa trên các nghiên cứu rARN, Carl Woese đã phân chia Prokaryota (giới Monera) thành hai giới, gọi là Eubacteria (vi khuẩn thật sự) và Archaebacteria (vi khuẩn cổ). Carl Woese đã cố gắng thiết lập hệ thống Ba Giới Chính (Urkingdom) trong đó Thực vật, Động vật, Sinh vật nguyên sinh, Nấm được gộp lại trong một giới chính của tất cả các dạng sinh vật nhân chuẩn. Eubacteria và Archaebacteria tạoh thành hai urkingdom khác. Việc sử dụng ban đầu của các "hệ thống sáu giới" là sự hòa trộn hệ thống năm giới kinh điển và hệ thống ba giới của Woese. Những hệ thống sáu giới như vậy đã trở thành tiêu chuẩn trong nhiều tác phẩm.[8]

Một loạt các giới sinh vật nhân chuẩn mới cũng được đề xuất, nhưng phần lớn hoặc là nhanh chóng bị coi là không hợp lệ, bị hạ xuống cấp ngành hay lớp, hoặc bị hủy bỏ. Giới duy nhất vẫn còn được sử dụng khá rộng rãi là giới Chromista do Cavalier-Smith đề xuất, bao gồm các sinh vật như tảo bẹ (Laminariales), tảo cát (Bacillariophyceae), thủy khuẩn (Oomycetes). Vì thế sinh vật nhân chuẩn được phân chia thành 3 nhóm chủ yếu là dị dưỡng (Animalia, Fungi, Protozoa) và 2 nhóm chủ yếu là quang hợp, (Plantae, bao gồm cả tảo đỏ, tảo lục và Chromista. Tuy nhiên, nó không được sử dụng rộng rãi do sự không chắc chắn về tính đơn ngành của hai giới cuối cùng này.

Woese nhấn mạnh sự giống nhau về gen so với biểu hiện và hành vi ra ngoài, dựa trên so sánh các gen của ARN ribosome ở mức phân tử để xếp loại các thể loại phân loại. Thực vật trông không giống như động vật, nhưng ở mức tế bào thì cả hai nhóm đều là sinh vật nhân chuẩn, có cơ cấu tổ chức hạ tế bào tương tự, bao gồm nhân tế bào, cái mà Eubacteria và Archaebacteria không có. Quan trọng hơn, thực vật, động vật, nấm, sinh vật nguyên sinh là tương tự nhau trong cấu trúc gen của chúng ở mức phân tử, dựa trên các nghiên cứu rARN, hơn là giống với Eubacteria hay Archaebacteria. Woese cũng phát hiện ra rằng tất cả các sinh vật nhân chuẩn, gộp lại với nhau như là một nhóm, về mặt di truyền là có quan hệ họ hàng gần gũi với Archaebacteria hơn là quan hệ của nhóm này với Eubacteria. Điều này có nghĩa là Eubacteria và Archaebacteria là các nhóm tách rời ngay cả khi so sánh với Eukaryota. Vì thế, Woese đã thiết lập hệ thống ba vực, cho rằng tất cả các dạng Eukaryota là có quan hệ di truyền gần gũi hơn khi so sánh với mối quan hệ di truyền với Eubacteria hay Archaebacteria, mà không có sự thay thế các "hệ thống sáu giới" với hệ thống ba giới. Hệ thống ba vực là "hệ thống sáu giới" trong đó hợp nhất các giới của Eukaryota thành vực Eukarya, dựa trên sự tương tự gen tương đối của chúng khi so sánh với vực Bacteria và vực Archaea. Woese cũng công nhận rằng giới Protista không là nhóm đơn ngành và có thể phân chia tiếp ở mức giới. Ví dụ, một số tác giả chia giới Protista ra thành Protozoa và Chromista.